Skip to content

Genetyczne błędne diagnozy i potencjał różnic w zdrowiu ad 5

2 miesiące ago

582 words

Ogólnie rzecz biorąc, oryginalne badanie, które ustaliło związek pomiędzy kardiomiopatią wariantową i przerostową, składa się z trzech etapów. Po pierwsze, garstkę genów uprzednio związanych z kardiomiopatią przerostową zsekwencjonowano w próbkach DNA uzyskanych od pacjentów z kardiomiopatią przerostową. Po drugie, odkryte warianty zostały przebadane w rzekomo spokrewnionych z przodkami niespokrewnionych kontrolach i, jeśli są dostępne, w członkach rodziny pacjentów. Po trzecie, przeprowadzono analizy funkcjonalne w podgrupie badań w celu oceny mechanizmu, za pomocą którego wariant może powodować chorobę. Odmiana w MYBPC3 i TNNI3 wśród czarnych Amerykanów
Ryc. 2. Rycina 2. Zapobieganie błędnemu zaklasyfikowaniu wariantów przy użyciu danych pochodzących z różnych populacji. Na wykresach A i B przedstawiono częstości występowania allelu niereferencyjnego (tj. Allelu, który nie występuje w sekwencji referencyjnej ludzkiego genomu). Populacja 1000 genomowych projektów ASW (afrykańskie pochodzenie w południowo-zachodniej części USA) (61 osób) i CEU (mieszkańcy Utah [CEPH] z przodkami z Europy Północnej i Zachodniej) (85 osób) dla genów MYBPC3 (panel A) i TNNI3 (panel B). Każdy punkt reprezentuje odrębny wariant. Istnieje znacznie więcej prywatnych stron (witryn, dla których częstość występowania alleli nie jest zerowa w jednej populacji, ale zero w drugiej populacji) wśród czarnych Amerykanów (częstość występowania alleli bez referencji, 0% w CEU i> 0% w ASW, z ASW private strony przedstawione w kolorze pomarańczowym) niż wśród białych Amerykanów (częstość występowania alleli bez odniesienia, 0% w ASW i> 0% w CEU). Panel C pokazuje szansę prawidłowego wykluczenia patogenności dla prawdziwie łagodnego wariantu, który występuje głównie w jednej grupie przodków; prawdopodobieństwo wzrasta na ogół wraz z frakcją kohorty kontrolnej, która składa się z tej grupy przodków i liczbą kontroli (liczby chromosomów kontrolnych są pokazane w kluczu). Te symulacje wykorzystują częstotliwości alleli wariantu MYBPC3 G278E, który ma niską allelową częstotliwość wynoszącą 0,0157 wśród czarnych Amerykanów i 0,000122 wśród białych Amerykanów. Panel D pokazuje mapę częstości alleli TNNT2; wariant K247R TNNT2 (rs3730238 w dbSNP) został genotypowany w projekcie Human Genome Diversity Project. Większość populacji na całym świecie ma niezerową częstotliwość mniejszego allelu.
Wykorzystaliśmy dane z projektu 1000 genomów do porównania zmienności sekwencji między czarnymi Amerykanami i białymi Amerykanami, wykorzystując jako zastępców populacje ASW (afrykańskie przodki w południowo-zachodniej części USA) i CEU (rezydentów Utah [CEPH] z przodkami z Europy Północnej i Zachodniej), odpowiednio . Jak pokazano na rysunkach 2A i 2B, czarni Amerykanie przechowywali znacznie więcej segregujących loci (tj. Zmienne miejsca genomu w obrębie populacji) w obu genach niż u białych Amerykanów. Te prywatne strony , w których częstotliwość allelu nieinwestycyjnego (tj. Allel, który nie występuje w sekwencji referencyjnej ludzkiego genomu) jest niezerowa w jednej populacji, ale zero w drugiej populacji, pokazano na rysunku 2A i 2B. W przypadku MYBPC3 było 66 witryn prywatnych w populacji ASW i 15 prywatnych witryn w populacji CEU; w przypadku TNNI3 istniało 45 prywatnych obiektów w populacji ASW i 6 prywatnych w populacji CEU.
Obniżenie ryzyka fałszywych pozytywów za pomocą zróżnicowanych genetycznie populacji
Jak pokazano na ryc. 2C, nawet małe badania różnych populacji są stosunkowo dobrze prowadzone, aby uniknąć błędnej klasyfikacji pięciu wariantów wysokiej częstotliwości związanych z kardiomiopatią przerostową.
[hasła pokrewne: bóle neuralgiczne, zus sanatoria lista oczekujących, grzybica prącia zdjęcia ]

Powiązane tematy z artykułem: bóle neuralgiczne grzybica prącia zdjęcia zus sanatoria lista oczekujących