Skip to content

Genetyczne błędne diagnozy i potencjał różnic w zdrowiu ad 6

2 miesiące ago

543 words

Konserwatywnie, użyliśmy wariantu o niższej częstotliwości tych dwóch, które były błędnie klasyfikowane u pacjentów (MYBPC3 G278E, częstość drobnych alleli, 0,0157 u czarnych Amerykanów i 0,000122 u białych Amerykanów). Na tych częstotliwościach, nawet jeśli czarni Amerykanie stanowiliby zaledwie 10% kohorty kontrolnej, mielibyśmy 50% szans na prawidłowe wykluczenie patogenności z kohortą kontrolną liczącą tylko 200 osób. Udokumentowaliśmy sposób, w jaki można badać przerostowe warianty o wysokiej częstotliwości związane z kardiomiopatią w populacjach światowych (rysunek 2D i tabela S1 w dodatkowym dodatku). Na przykład wariant kardiomiopatii przerostowej o wysokiej częstotliwości (TNNT2 K247R) był locus w projekcie Diversity Human Genome16 (Figura 2D) i ma niezerową częstość występowania mniejszych alleli w wielu populacjach na całym świecie.
Błędy z małej różnorodności danych kontrolnych
Tabela 3. Tabela 3. Zasoby do sekwencjonowania kontrolnego do określania patogenności w kilku populacjach na całym świecie. Tabela 3 pokazuje prawdopodobieństwo wykluczenia patogenności dla prawdziwie łagodnych wariantów przy użyciu kilku zasobów sekwencjonowania, które były używane w ciągu ostatnich kilku lat. Na przykład, korzystając z populacji Projektu 1000 genomów z meksykańskiego pochodzenia z Los Angeles (MXL), która składa się z 66 osób, mamy tylko 48% szans na wykluczenie patogenności, gdy częstotliwość mniejszego allelu wynosi 0,5%. Jeśli częstość występowania mniejszego allelu wynosi 0,1%, tak jak w przypadku rzadkiego wariantu odkrytego przez sekwencjonowanie egzoszkieletu o wysokim pokryciu, prawdopodobieństwo wykluczenia patogenności wynosi tylko 12%, gdy wykorzystuje się populację MXL. W przeciwieństwie do tego, jeśli nowe badania asocjacyjne wariantu wykorzystują zasoby, takie jak ostatnio utworzona baza danych Exome Aggregation Consortium, 26 są dobrze napędzane, aby wykluczyć patogenność nawet w przypadku rzadszych zmian.
Dyskusja
Postawiliśmy hipotezę, że warianty genetyczne powszechne wśród czarnych Amerykanów były wcześniej błędnie klasyfikowane u pacjentów poddawanych badaniom genetycznym z powodu kardiomiopatii przerostowej. Zidentyfikowaliśmy wiele osób, wszystkie pochodzenia afrykańskie lub nieokreślone, które otrzymały pozytywne raporty oparte na błędnych klasyfikacjach łagodnych. Takie błędne klasyfikacje unieważniają oceny ryzyka podejmowane u krewnych, wymagające łańcucha poprawionych raportów i planów zarządzania. Nasze wyniki sugerują, że fałszywie dodatnie doniesienia są ważnym i być może niedocenianym elementem podgrupy badanych osób z podgatunkiem pozytywnym pod względem genotypu 27. Wyniki te pokazują, w jaki sposób różnice w zdrowiu mogą wynikać z błędnej diagnozy genomicznej. Rozbieżności mogą wynikać z błędów, które nie wiążą się ani z dostępem do opieki, ani z różnicami fizjologicznymi , ale raczej z historycznym brakiem populacji kontrolnych, które obejmują osoby o różnym pochodzeniu rasowym i etnicznym. Potrzebne są przyszłe prace, aby ocenić, w jakim stopniu ten wzór występuje w przypadku innych wariantów, typów błędów klasyfikacji i chorób.
Minimalizowanie błędnych klasyfikacji przez przesiewanie poprzez genomowy hałas w przypadku wariantów przyczynowych jest ściśle związane z oceną penetracji, odsetka osób z wariantem, u których występuje choroba. Jednak szacowanie penetracji jest często trudne, ponieważ jest wrażliwe na kontekst kliniczny (ryc
[podobne: kto może zostać dawcą szpiku, wskazania do drenażu limfatycznego, przeglądarka skierowanie do sanatorium ]

Powiązane tematy z artykułem: kto może zostać dawcą szpiku przeglądarka skierowanie do sanatorium wskazania do drenażu limfatycznego